排污权交易是运用市场经济价值规律，使排污权资源化，并使资源配置最优化的环保经济措施。近年来，在区委、区政府的高度重视下，在社会各界的广泛关注下，我区积极推进排污权市场化交易。2008年南湖区实行排污权交易以来，实行了7次排污权拍卖，累计交易化学需氧量为65.493吨，二氧化硫量为0.8吨，交易总金额为736.8万元。通过市场交易的方式在严控总量的同时，优化了资源的配置。为规范交易行为，强化管理，2010年和今年南湖区又配套制定了《南湖区企业新增排污权指标实施意见（试行）（试行）》和《南湖区企业排污权出让交易实施细则》。排污权拍卖的探索为建立排污权交易市场化机制做出了示范，提供了宝贵的经验。
    在前期的探索的人工拍卖过程中也发现了一些问题，为更好体现公开、公平、公正，提高效率。南湖区交易中心与拍卖机构经过半年多调研和技术准备，拟在明年将试行排污权电子拍卖。引入排污权电子拍卖主要为了避免了人工拍卖中的意外干扰和加快排污权市场资源优化机制的建立，提高“十二五”期间企业参与减排的积极性，同时也方便企业灵活的参与。为配合总量控制与减排，对参与拍卖的企业系统采用严格资格审查，系统自动保存竞价过程，提高了操作的安全性，环保和工商等相关部门全程监督。